La cueva de Rejo es el resultado de los procesos cársticos sufridos por las rocas calizas que se asientan sobre los terrenos de Val de San Vicente y sus alrededores, conocidos como las Sierras Planas. La penetración de agua por las fisuras de estas rocas ha generado su disolución a lo largo del tiempo, dando lugar a cuevas y cavidades subterráneas, como la que describimos. Se trata de la cueva con la mejor representación de quirópteros de Cantabria, propuesta como LIC con el fin de conservar las especies de murciélagos que alberga.

Esta cueva alberga regularmente más de 500 ejemplares de seis especies diferentes de murciélagos, mamíferos caracterizados por su capacidad de vuelo, con manos con dedos muy alargados entre los que se extiende una membrana de piel que se une con las patas traseras dando lugar a una amplias alas, alas que posibilitan el vuelo.

Los murciélagos han desarrollado además un sorprendente y complejo sistema de orientación en la oscuridad basado en el sonido. Este sistema, junto con una vista más aguda en la oscuridad que la del hombre, les permite moverse y cazar en plena oscuridad.